Возможно проблема не в вмваре а в системе, которая ставится на эту вмварь?
Для одного своего опробованного варианта я остановился на 1 ядре и 1 гиге оперативы на одну виртуалку, для одного окна евы (бот там властвует безраздельно и постоянно, потому и одно окно на одну виртуалку).
Вариант три скрипта на три окна в пределах одной машины (не суть важно виртуальной или реальной) имхо нежизнеспособен, поскольку они будут сильно конкурировать за мышку и клаву друг с другом, и выйдет полный северный пушной зверёк. Решение - только управление одним скриптом тремя (пятью, десятью, на сколько хватит мощности машины и скорости скрипта) окнами. Простое переключение между окнами, осмотр и выполнение необходимых действий. Такое - вполне реально, только несколько сложнее чем один скрипт на одно окно.
Как раз запуск клиентов под разными именами, "EVE1" "EVE2" и т.д., и переключение после поиска нужного заголовка. То же самое, что сейчас происходит в самом начале работы майнинг бота (поиск единственного окна евы и переключение на него) собранного из готовых выложенных тут кирпичиков.