Тогда я не знаю как они добавляются, ибо программы могут свои ресурсы юзать когда им заблагорассудится... (в т.ч. и файл настройки)
Да, они могут распаковывать ресурсы во временное хранилище(в тот же темп), но никаких изощрений типа перекомпиляции при этом не происходит ведь. Программа лишь читает/изменяет секцию в себе, которая доступна для редакирования любым ресурсвьювером или даже хекс-редактором. Те же иконки можно безболезненно изменить или битмаповские логосы... да, при этом может происходить пересчет хедеров, црц или чего там еще... но ничего же глобального не происходит... программа просто при загрузке считывает/распаковывает свои ресурсы, если они изменяются, то изменяются в памяти/временном хранилище, а при закрытие программы перезаписываются в её секции и всё.