Насколько я понимаю, в новых версиях SciTE больше нет "настоящей" "Code Page Property" - все скрипты по умолчанию воспринимаются как UTF8 without BOM и перекодируются в этот формат. Соответственно и проблемы с консолью редактора. Начиналось с того, что кодировка ломалась при компиляции - спасала только использование UTF16. Сейчас получше, но всё равно стоит поставить свежие версии "комплектующих" SciTE из их бета-директории на официальном сайте.