Запускайте 1с-ку AutoIt-ом при помощи
Run ... далее при помощи
StdoutRead считываете вывод
PS: Именно запускайте через AutoIt-скрипт, таким образом 1с-ка будет дочерним процессом... в противном случае у Вас будет много проблем, хотя подключиться к уже запущенному процессу тоже возможно...
здесь вы можете найдете русскоязычную справку... она немного устарела... но те функции которые интересуют Вас там описаны в соответствии с настоящим синтаксисом
