forfrends
Файлы пакуются пакером в что-то наподобие архива. По умолчанию туда входит скрипт+интерпретатор. Скрип - это не тот, что ты написал, а сгенерированный, который, как я уже сказал, уже включает в себя все другие скрипты подключенные через Include. Если в скрипте есть FileInstall, то в этот архив также включаются файлы указанные в этой функции. При первом обращении интерпретатор распаковывает эти файлы по адресам, указанным в параметрах функции. При следующих вызовах программы в зависимости от флага установленного в функции FileInstall эти файлы будут переписываться либо не будут.