Для мыши определяете окно на которым курсор
$tPoint = DllStructCreate($tagPOINT, $lParam)
$hWnd = _WinAPI_GetAncestor(_WinAPI_WindowFromPoint($tPoint), $GA_ROOT)
и если приложение разрешено пропускаете события, иначе блокируйте.
Для клавиатуры аналогично, только используйте
для определения текущего окна.