Баг известный, разработчикам уже не раз об этом писалось. Они
пишут что это бага в SciTE, и это уже не их забота. Пишут что даже разработчикам SciTE'а проблема известна, но те также не хотят её исправлять, и уже довольно долго.
Остаётся надежда что когда нибудь всё же исправят эту багу, иначе придётся избегать нажатий F1 пока скрипт работет.
P.S
Кстати у меня есть идея как это поправить - можно в фоне запустить скрипт который будет отлавливать F1 для окна SciTE (используя библиотеку Hotkey от Yashied), и соответственно скрипт будет вызывать файл справки (передавая ему параметры выделенного текста).