Может не обновленные файлы берутся, а старые из кеша? Надо расширение изменить.
Давай проверим ход выполнения действий.
1. Открывается файл:
.../www/themes/< theme name>/index.template.php
2. В этом файле, в формирование HEAD страницы, т.е. со строки «<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTM…» и т.д, в участок подключения JS файлов и CSS, добавляются строки:
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="', $settings['theme_url'], '/css/qTopMenu.css?rc2" />
<script language="JavaScript" type="text/javascript" src="', $settings['theme_url'], '/scripts/qTopMenu.js?rc2"></script>
Подключаемым файлам, после расширения добавляется «?rc2», или любой другой текст после знака вопроса. Для того, что бы заменить кэшируемые файлы браузером.
3. Копируются файлы qTopMenu.js и qTopMenu.css по адресам:
.../www/themes/< theme name>/scripts/qTopMenu.js
.../www/themes/< theme name>/css/qTopMenu.css