Andrei7
Тогда есть предположение, что один exe - x86, другой x64, хотя я не помню UPX поддерживает x64 или нет, сейчас не могу проверить, если не поддерживает, значит оба файла x86.
Скомпилируйте еще раз скрипт и посмотрите какой размер? а скрипты точно одинаковые?