Есть Obfuscator, но в последних версиях AutoIt от него отказались. Это как бы намек.
P.S
Просто любопытно, почему в последнее время у новичков (я не конкретно про ТС) первым делом возникает вопрос про защиту программ? Но судя по тем вопросам, которые они задают на форуме, им защита еще как минимум лет пять не понадобиться. Или вы собираетесь выстраивать защиту кода, состоящего из пяти строк Send()?
Может это прозвучит грубо, но скажу, 99% ваших скриптов нафиг никому не упали, если они будут платными. Исключением могут быть лишь боты для игр, но в последнее время AutoIt здесь сильно здает позиции. А кроме того, хороший бот для популярной игры всегда можно найти на торрент-трекерах. Так что хватит маиться фигней...
P.S.S
Впредь, подобные темы буду закрывать. Начну с этой.