Предполагаю, что ты autoit обновил, а wrapper, которым через SciTE компилируешь (он в папке SciTE\AutoIt3Wrapper находится ) видимо не заменил. У меня было то же самое, когда поставил ScITE (в комплекте с wrapper'ом ) для более старшей версии, а autoit был младшей версии.
В общем посмотри соответствие версий autoit и компилятора\wrapper'а.