Скрипт должен буть скомпилирован как CUI вместо обычного GUI (клик правой - Compile With Options). При дебаге SciTE выводит CosoleWrite в нижнем окошке.
Вот пример скрипта, использующего ConsoleWrite:
#NoTrayIcon
#Region ;**** Directives created by AutoIt3Wrapper_GUI ****
#AutoIt3Wrapper_Change2CUI=y
#EndRegion ;**** Directives created by AutoIt3Wrapper_GUI ****
ConsoleWrite("Made by SyDr :)" & @CRLF)
ConsoleWrite("Bye-Bye >_____<")
Sleep(500)