если честно не вижу особого смысла в данной утилите, хотя конечно могу ошибаться.
CreatoR, но кроме констант есть еще функции и глобальные переменные, и кроме папки "Include" необходимые для работы скрипта "запчасти" могут находиться в папке скрипта (а в общем случае - где угодно).
И, если, в этой утилите нет особого смысла - тогда в Organize Includes смысла еще меньше.
поэтому сделал свой вариант, независимый от SciTE
AZJIO, под npp, действительно легко переделать, они же на одном движке с SciTE.
Еще хотелось бы прояснить, то, что Includes Helper указывает минимально необходимый набор include, означает только, что код будет выглядеть более аккуратно. При компиляции, если не пользоваться обфускатором с соответствующими опциями, в выходной файл будут добавлены целиком все указанные в скрипте include и, рекурсивно, все include, указанные в тех include.