Вопрос поставлен немного некорректно...
Давай я попробую ответить на правильный вопрос.
1. Да, у автоит есть библиотека для FF.
2. Функции библиотек для работы с IE и FF не выходят за рамки объекта с которым они работают и не дёргают мышь и кнопки.
(в качестве примера: у меня сейчас запущен бот для IE и я спокойно пишу вот это сообщение в другом окне FF)