Смысл всего этого? Ведь для выполнения скрипта, его нужно передать интерпретатору в неизменном виде, а значит защиту легко обойти и если этот проектор станет хоть немного популярным, то для него напишут декомпилятор.
Если вы действительно хотите защитить части вашего кода, то их нужно писать на компилируемом ЯП (причем, компилируемом в натив, а не в байт-код) и оформлять в виде dll.
Скомпилированный, нативный код намного сложнее декомпилировать и максимум что можно получить - ассемблерный листинг, который придется ручками расшифровывать. Кроме того, для натива имеется множество протекторов и обфускаторов, которые сделают практически невыполнимой задачу получения первоначального исходного кода (будет намного проще написать с нуля, чем ручками восстанавливать асм. в исходник).