Колян)
1. Установить последнюю версию
AutoIt
2. Установить полный комплект
SciTE4AutoIt3, в котором есть AutoIt3Wrapper и Obfuscator
3. Добавить в скрипт (первой строкой) директиву:
#AutoIt3Wrapper_Icon=моя_иконка.ico
К тому же поддерживаются другие полезные директивы.