Обычно выношу защищаемые куски кода в DLL и покрываю ее протектором. Для большинства случаев оказывается достаточно, т. к. стоимость взлома такой DLL превышает стоимость разработки проги с нуля.
Особо важные проекты пишу не на автоите, т. к. для него нет эффективной защиты от декомпиляции. Протекторы хорошо защищают нативный код (интерпретатор автоита), а сам скрипт обычно остается без защиты.